В соответствии с законодательством Российской Федерации в системе Минфина России в последние годы произошли структурные преобразования, касающиеся контрольной деятельности.

В 1998 г. Контрольно-ревизионное управление, осуществлявшее финансовый контроль субъектов Российской Федерации и муниципальных образований, выделено в самостоятельную федеральную службу путем преобразования его в Департамент государственного финансового контроля и аудита Минфина России, в обязанности которого вошел финансовый контроль за расходованием средств федерального бюджета.

В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации Ю мерах по оптимизации структуры территориальных органов Министерства финансов Российской Федерации» от 5 ноября 1999 г. № 1231 финансовые органы субъектов Российской Федерации и местного самоуправления с 1 января 2000 г. выведены из системы территориальных финансовых органов Минфина России. В результате этого полномочия финансового контроля за средствами субъектов Российской Федерации и местного самоуправления перешли к финансовым органам областного и местного уровней.

Министерство финансов Российской Федерации обеспечивает финансовый контроль за соблюдением всеми участниками бюджетного процесса общих и специальных принципов сметно-бюджетного финансирования. Например, в установленных Бюджетным кодексом Российской Федерации случаях (ст. 138, 140, 268) Минфин России осуществляет финансовый контроль за исполнением бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов. Таким образом, восстанавливается контрольная финансовая вертикаль, позволяющая сократить нарушения в финансовой сфере.

Минфин России организует контрольные мероприятия по проверке юридических лиц — получателей гарантий Правительства Российской Федерации, бюджетных ссуд, бюджетных инвестиций, бюджетных кредитов. Оно располагает широкими полномочиями в проведении контрольной деятельности в процессе составления и рассмотрения государственного бюджета, смет расходов главных и нижестоящих распорядителей бюджетных кредитов, аккумуляции доходов в бюджет и финансирования расходов, а также в осуществлении контрольно-ревизионной работы в организациях, учреждениях различных форм собственности — пользователей бюджетных средств. В круг обязанностей Минфина России вошел и контроль за соблюдением бюджетного законодательства кредитными организациями. Эта функция имеет важное значение, поскольку в последние годы бесконтрольная деятельность коммерческих банков и иных частных кредитных организаций наносила значительный ущерб не только государству, но и отдельным экономическим субъектам, а также гражданам.

В 1999 г. Департаментом государственного финансового контроля и аудита и контрольно-ревизионными управлениями Минфина России в субъектах Российской Федерации проведено 48 тыс. проверок. В результате было выявлено нецелевое использование средств только по федеральному бюджету в размере 15 млрд руб. Органами КРУ Минфина России было передано более 9 млн дел в правоохранительные органы на общую сумму более 17 348 млрд руб. По этим материалам возбуждено свыше 3 млн уголовных дел.

Положением о Министерстве финансов Российской Федерации, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 6 марта 1998 г. № 273, предусмотрены его права:
– ограничивать, приостанавливать, а в необходимых случаях, в соответствии с законодательством Российской Федерации, и прекращать финансирование организаций при выявлении фактов нецелевого использования ими средств федерального бюджета;
– взыскивать в установленном порядке с организаций средства, израсходованные не по целевому назначению, с наложением штрафа.

Широкими контрольными полномочиями наделены Главное управление федерального казначейства Минфина России и его территориальные органы. Основными задачами его в сфере финансового контроля являются организация и осуществление контроля за исполнением бюджета и федеральных внебюджетных фондов. На него возложена функция перераспределения поступивших налогов между бюджетами разных уровней в соответствии с установленными законодательством нормами. В целях укрепления финансовой дисциплины федеральное казначейство Минфина России производит проверки, связанные с зачислением, перечислением и использованием бюджетных средств любого уровня, в министерствах, ведомствах, на предприятиях, в учреждениях и организациях, в банках и иных кредитных учреждениях любой формы собственности.